Эм зүйн сургууль нь Монгол улсад эм зүйч, эм найруулагч мэргэжилтэн бэлтгэж ирсэн төрийн өмчит анхны ууган сургууль бөгөөд 1966 онд анхны 33 эм зүйчийг төгсгөсөн бол 2021 оны байдлаар нийт 1906 эм зүйч, 2706 эм найруулагчийг бэлтгээд байгаа ба манай төгсөгчид 100% ажлын байраар хангагдан эмийн үйлдвэр, эм ханган нийлүүлэх байгууллага, эмийн сан, эмнэлэг, эрдэм шинжилгээний байгууллага, эмийн зохицуулалтын байгууллага, МХЕГ, Эрүүл мэндийн газар зэрэг олон байгууллагад ажиллаж байна.
Эм зүйч бэлтгэх хөтөлбөрийг 1961 онд үүсгэн байгуулагдсанаасаа хойш нийт 9 удаа шинэчилсэнээс Эм зүйн тусламж, эм зүйн боловсролын олон улсын чиг хандлагад нийцүүлэн эм зүйч бэлтгэх сургалтын хөтөлбөрийг шинэчлэх ажлыг 2004 оноос Монгол улсад анх удаа эхлүүлж эмчлүүлэгч төвтэй тусламжид чиглэсэн хөтөлбөрийг 2008 онд батлуулан амжилттай хэрэгжүүлж байна.
Эм найруулагчийн сургалтыг 1926 оноос явуулж эхэлснээс хойш хөтөлбөрийг олон удаа шинэчлэн сайжруулсан ба хамгийн сүүлд 2020 онд шинэчилсэн. Эм найруулагчийн сургалтыг эмчлүүлэгч төвтэй тусламжид чиглэсэн хөтөлбөрөөр явуулж байна.
Эм зүйн сургууль одоогоор эм зүйн 2+3, 3+3 хөтөлбөр, эм найруулагчийн хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэн сургалтын үйл ажиллагааг Эм зүйн сургуулийн хичээлийн байр, сургалтын лабораториос гадна АШУҮИС-ийн дэргэдэх “Эрдэм фарм” эмийн үйлдвэр, эмийн сан, эм шинжилгээний лаборатори, Монгол Японы сургалтын эмнэлэг дээр явуулж байна.
Эм зүйч бэлтгэх бакалаврын хөтөлбөр 2017 онд 2 дахь удаагаа, эм найруулагчийн дипломын хөтөлбөр 2019 онд 2 дахь удаагаа БМИҮЗ-өөр магадлан итгэмжлэгдсэн.
